توجه به این شاعر جهانی در آخرین آلبوم او نیز نمایان است. شجریان در آلبوم «سرود مهر»، غزل «دوچشم مست میگونت ببرد آرام جان از دل» و «دلم تا عشقباز آمد در او جز غم نمی‌بینم» را از سعدی در بیات‌ترک خوانده است.
اما توجه او به سعدی دیرین‌تر است. «پیوند مهر» در زمره‌ی نخستین آلبوم‌های پس از انقلاب شجریان است که با آهنگسازی «فرهنگ شریف» کاملاً به سعدی اختصاص یافته است.
غزل‌های معروف «هر کس به تماشایی رفتند به صحرایی»، «ای ساربان آهسته رو کآرام جانم می‌رود» و «بگذار تا بگرییم چون ابر در بهاران» به همراه «خفته خبر ندارد سر بر کنار جانان» با صدای شجریان همراه شده‌اند.

اما آلبوم «نوا» که به صورت مرکب‌خوانی عرضه شده یقیناً نقطه‌ی عطف سعدی خوانی استاد آواز ایرانی است. شجریان در این آلبوم غزل «بگذار تا مقابل روی تو بگذریم» و «ما گدایان خیل سلطانیم» را در دستگاه «نوا» چنان با استادی اجرا کرده که هنوز پس از سال‌ها طنین عارفانه این اشعار در گوش علاقه‌مندان موسیقی ایرانی است.
او در ادامه غزل «غم زمانه خورم یا فراق یار کشم» را نیز از سعدی در بیات‌ترک اجرا کرده است. آهنگ‌سازی پرویز مشکاتیان نیز در این مرکب‌خوانی که از نوا به بیات‌ترک و سه‌گاه سرک می‌کشد همراه شجریان است.
با وجود موفقیت بی‌نظیر شجریان در اجرای آوازی اشعار سعدی در آلبوم «نوا» آنچه او به همراه جواب آواز مشکاتیان در آلبوم «دستان» بر روی غزل «از در درآمدی و من از خود بدر شدم» در «چهارگاه» به نمایش گذاشت اوج تلفیق شعر سعدی و موسیقی ایرانی است.
غزل «ای پیک پی خجسته که داری نشان دوست» در بیات‌زند در آلبوم «دل مجنون»،‌ «برخیز تا یک سو نهیم این دلق ازرق فام را» در بیات زند در آلبوم «در خیال» و غزل «شبی یاد دارم که چشمم نخفت» درشور و در آلبوم «بهاردلکش» و غزل «تو را سریست که با ما فرو نمی‌آید» از آلبوم «فریاد» از جمله دیگر اشعار سعدی با اجرای شجریان است.

شجریان سعدی‌خوانی خود را هم‌چنان در کنسرت‌ها و آلبوم‌هایش ادمه می‌دهد به طوری که دو سال پیش اولین کنسرت خود را با گروه آوا با عنوان «استاد سخن سعدی» برگزار کرد و چندی بعد نیز قسمت دوم این کنسرت را در قالب آلبوم موسیقی با عنوان «غوغای عشق بازان» منتشر کرد.

بهترین وصف درباره سعدی‌خوانی شجریان را خود او در تصنیف «اگر دستم رسد روزی که انصاف از تو بستانم» از زبان سعدی و با آهنگ‌سازی فرهاد فخرالدینی در چهارگاه بیان کرده است: «من آن مرغ سخن‌دانم که در خاکم رود صورت / هنوز آواز می‌آید به معنی از گلستانم».

شجریان هم‌چنان این سعدی‌خوانی را در کارهایشان ادامه می‌دهد که البته ناگفته نماند که در کنار این خواننده بزرگ کشورمان هستند خوانندگان دیگری که اشعار سعدی را پایه‌ی تصانیف خود قرار می‌دهند و با خواندن شعرهای این شاعر بزرگ آواز خود را در دستگاه‌های مختلف سر می‌دهند.